El Tribunal Universitario de la Universidad Autónoma de Baja California es una autoridad universitaria dotada de plena autonomía para resolver jurisdiccionalmente los litigios sometidos a su potestad, y para conciliar en su caso los intereses en conflicto, sin más sujeción que el respeto pleno al derecho universitario.
El Tribunal Universitario está concebido como un órgano de tutela de los derechos universitarios de los alumnos, consagrados en el Estatuto General, el Estatuto Escolar y las demás normas universitarias, cuando estos se vean vulnerados en su esfera jurídica por actos u omisiones que sean reclamables por esta vía.
El Estatuto Orgánico del Tribunal Universitario dispone que se integrará por tres jueces titulares y un suplente, electos por los alumnos miembros del Consejo Universitario con base en las propuestas del rector. Lo anterior asegura el respeto al artículo 39 de la Ley Orgánica y mejora la legitimidad de los jueces, por haber sido electos precisamente por los alumnos, quienes a su vez fueron electos por las bases estudiantiles de cada una de las unidades académicas.
Una vez que los alumnos miembros del Consejo Universitario hubieren hecho el nombramiento de los jueces, éste se someterá a la aprobación del pleno del Consejo, lo que amplía el margen de legitimidad de quienes tendrán a su cargo la última palabra en la resolución de todos los conflictos promovidos por los alumnos contra actos que, atentando contra sus intereses, resulten violatorios del derecho universitario.
El rector tomará la protesta a los jueces para que puedan entrar en funciones, y que entre ellos elijan a un presidente que durará en su encargo un año con posibilidades de ser re-electo.
El Pleno del tribunal nombrará al secretario el cual tendrá fe pública y se encargará de la parte operativa del tribunal. Un juez suplente cubrirá las ausencias temporales de los jueces titulares y la integración del tribunal cuando alguno de ellos tuviere algún impedimento para actuar en aquellos litigios en que su imparcialidad pudiere ser cuestionada.
Compete al Tribunal Universitario conocer de los juicios de nulidad promovidos por los alumnos contra actos u omisiones de las autoridades universitarias que estimen violatorios de sus derechos derivados de la Ley Orgánica, del Estatuto General, del Estatuto Escolar o de cualquiera otra norma universitaria.
En todo momento el Tribunal podrá llamar a las partes a conciliar intereses y al efecto les presentará, de ser posible, propuestas concretas de solución, que en todo caso serán respetuosas del derecho universitario. El convenio de conciliación aprobado por el Tribunal surtirá efectos de una sentencia firme.